De hoofdopdracht van Scheepvaartbegeleiding is de scheepvaart veilig en vlot te laten verlopen naar en van de Vlaamse en Zeeuwse havens. Om dit te verzekeren, vangen ze de scheepvaart vanaf de Frans-Belgische grens visueel, auditief en elektronisch op via Vessel Traffic Services (VTS). Scheepvaartbegeleiding beheert en exploitatie de Schelderadarketen (SRK) en realiseert met Nederland het Gemeenschappelijk Nautisch Beheer.